En la época de la conquista el territorio fue recorrido por Hernán Pérez de Quesada y George Huhermuth, pero no se colonizó por las difíciles condiciones del medio y las limitaciones de la época; en aquel entonces, Caquetá quedó involucrado en la provincia de Popayán; en 1819, por Ley fundamental de la Gran Colombia, hizo parte de la provincia de Neiva durante todo el siglo XIX y hasta 1910 formó parte de Neiva, del Estado Federal del Cauca, del territorio de Mocoa, del departamento del Cauca e incluso de Tolima. En 1910 se creó la comisaría especial del Caquetá, la cual fue ascendida a intendencia mediante el decreto No. 963 del 14 de marzo de 1950. Finalmente, por la Ley 78 del 29 de diciembre de 1981, se crea el departamento.